En la Región de Aysen existen 18 áreas silvestres protegidas, de las cuales 5 son parques nacionales, 11 reservas nacionales y 2 monumentos naturales. Todos estos suman más de cinco millones de hectáreas.
- Parque Nacional Queulat: se ubica a 220 km al sur de Chaitén y se extiende a lo largo del seno Ventisquero, con una superficie de 154.093 hectáreas. Tiene el paisaje de la cordillera andina, con predominio del bosque siempreverde y con abundancia de patos, coipos, cisnes, etc. Entre sus principales atractivos se encuentran el ventisquero Colgante, el lago Risopatrón, los saltos Padre García, del Cóndor y Piedra del Gato.
- Parque Nacional Laguna San Rafael: fue creado en 1959 y posee una superficie de 181.229 hectáreas. Se ubica en Campos de Hielo Norte, al este de Cochrane, y constituye uno de los atractivos de mayor relevancia nacional. Además, posee una amplia diversidad de aves (cisnes de cuello negro, cormoranes, patos y cóndores) y mamíferos (chungungos, pudúes, zorros culpeo y güiñas).
- Parque Nacional Isla Guamblin: abarca 10.625 hectáreas, ocupando casi la totalidad de la isla Guamblin (archipiélago de los Chonos). Posee un ambiente casi virgen, ya que su acceso es dificultoso.
- Parque Nacional Isla Magdalena: ocupa toda la isla (comuna de Puerto Cisnes) y fue declarada parque en 1983. Alcanza una superficie de 157.616 hectáreas en donde se encuentran numerosas ensenadas y una abundante vegetación.
- Parque Nacional Bernardo O´Higgins: es el parque nacional más extenso de Chile, con 3.525.901 hectáreas. Se ubica entre las regiones de Aysen y Magallanes.
- Reserva Nacional Lago Rosselot: se ubica en la comuna de Cisnes y abarca 12.725 hectáreas. Su principal atractivo es el lago del mismo nombre.
- Reserva Nacional Lago Carlota: localizada a 230 km de la ciudad de Coihaique, en el extremo norte del río Cisnes. Posee 18.060 hectáreas y algunos de sus atractivos son el lago Carlota y el cordón de cerros Cáceres.
- Reserva Nacional Lago Las Torres: está a 130 km de Coihaique y cubre 16.516 hectáreas. Aquí se pueden apreciar montañas cubiertas de bosques e infinidad de esteros y ríos.
- Reserva Nacional Trapananda: fue creada en 1992 y está a 45 km de Coihaique. Tiene una superficie de 2.305 hectáreas, en las que es posible observar al bosque caducifolio de Aysen.
- Reserva Nacional Las Guaitecas: se estableció en 1938 y es una de las áreas silvestres protegida más antiguas del país. Comprende 1.097.975 hectáreas en la zona del archipiélago de los Chonos, y su importancia radica en que se resguardan especies como el Ciprés de las Guaitecas (explotado indiscriminadamente en el pasado).
- Reserva Nacional Río Simpson: está a 32 km al noroeste de Coihaique y tiene una superficie de 40.452 hectáreas. Es atravesada por el río Simpson y presenta un relieve muy accidentado (llanuras, cañones, saltos, etc.). Tiene una exuberante vegetación compuesta por coigües, tepas y mañíos.
- Reserva Nacional Coihaique: posee una superficie de 2.150 hectáreas y pertenece a la comuna del mismo nombre. Resalta su gran biodiversidad, pues cuenta con especies como coigües, lengas y ñirres, y entre los animales estánpumas y zorros.
- Reserva Nacional Cerro Castillo: fue creada en 1970 y abarca una superficie de 134.000 hectáreas. Está a 64 km al sur de Coihaique y posee sitios que destacan por su belleza como los cerros Castillo e Iglesia.
- Reserva Nacional Lago Jeinemeni: está ubicada a 65 km al sur de Chile Chico. Su principal atractivo es el lago Jeinemeni que tiene un color calipso y está rodeado de bosques. Además, en la reserva está la Cueva de las Manos, que tiene en su interior pinturas rupestres tehuelches.
- Reserva Nacional Lago Cochrane (o Tamango): se ubica a 6 km hacia el noroeste de Cochrane, en la ladera del cerro Tamango. Abarca 6.925 hectáreas en las que se desarrollan lengas, ñirres, coigües, notros, etc. Además, posee una variada fauna con aves como chucaos y cóndores, y mamíferos como zorros y guanacos. Sin embargo, su mayor tesoro es poseer una importante comunidad de huemules.
- Reserva Nacional Katalalixar: localizada al noreste de la caleta Tortel, cuenta con una superficie de 674.500 hectáreas. En ellas es posible encontrar amplios bosques, en los que abundan cipreses de las Guaitecas y mañíos de hojas largas.
- Monumento Natural Dos Lagunas: perteneciente a la comuna de Coihaique, consta de 181 hectáreas. En este sector se pueden apreciar las lagunas El Toro y Escondida.
- Monumento Natural Cinco Hermanas: está a 50 km de Puerto Aysen y se compone de pequeñas islas que, en conjunto, abarcan 228 hectáreas.
